L’unité dans la diversité, que certains découvrent petit à petit au sein de CNEF, est une réalité qui a imprégné depuis toujours le baptisme français. L’histoire de l’évolution des relations au sein de la fédération (FEEFB) en est un exemple intéressant. Une aile pentecôtiste coexiste avec une aile plus traditionnelle dans cette fédération qui compte aujourd’hui quelque 70 Eglises.
En revanche, un regroupement entre la FEEFB et l’association baptiste (AEEBLF), dont la ligne est plus conservatrice, n’a jamais pu voir le jour, bien que l’idée de se regrouper au sein d’une union d’Eglises soit déjà apparue dans les années 1920.