Timbuktu, c’est le récit d’une ville du Nord Mali qui tombe sous le joug des extrémistes religieux.Non loin de là, Kidane mène une vie simple et paisible dans les dunes, entouré de sa femme Satima, sa fille Toya et de Issan, son petit berger âgé de 12 ans. En ville, les habitants subissent, impuissants, le régime de terreur des djihadistes qui ont pris en otage leur foi. La musique ne doit plus être entendue, les rires, les cigarettes et même le football sont désormais interdits… Les femmes sont devenues des ombres qui tentent de résister avec dignité. Des tribunaux improvisés rendent chaque jour leurs sentences absurdes et tragiques. Kidane et les siens semblent un temps épargnés par le chaos de Tombouctou. Mais leur destin bascule le jour où Kidane tue accidentellement Amadou le pêcheur qui s’en est pris à GPS sa vache préférée. Il doit alors faire face aux nouvelles lois de ces occupants venus d’ailleurs…