Asa création, l’objectif du CNEF était d’arriver à rassembler le plus largement le milieu protestant évangélique, qui se trouve être fortement dispersé. Clément Diedrichs, directeur général du CNEF, souligne qu’à cette époque «on parlait de nébuleuse évangélique, une expression qui n’est plus utilisée aujourd’hui». Historien spécialisé dans l’étude du protestantisme évangélique, Sébastien Fath invite lui aussi à ne pas oublier le contexte qui a précédé la création du CNEF. Il rappelle ainsi qu’«il y avait de fortes tensions réciproques entre pentecôtistes et membres du réseau FEF». De véritables progrès ont ainsi été accomplis au niveau des relations intra-évangéliques et le CNEF unifie aujourd’hui un peu plus de 70% des Eglises évangéliques. Clément Diedrichs tient toutefois à préciser que «l’objectif n’est pas de rassembler pour rassembler, mais afin de faciliter l’annonce de l’Evangile».